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Classe des Sordariomycetes

Les Sordariomycetes constituent une classe importante, comptant 48 ordres, 180 familles, 2 176 genres et plus de 25 100 espèces. La plupart des espèces de cette classe produisent des asques dans des périthèces. Ces espèces se développent principalement dans le sol, les excréments et la litière forestière, mais plusieurs ordres contiennent également des pathogènes forestiers provoquant des flétrissements vasculaires, des chancres et des brûlures, ainsi que des champignons de décomposition du bois. Les Sordariomycetes pathogènes pour les forêts sont par exemple ceux qui causent le bleuissement, la brûlure du châtaignier, la verticilliose et le chancre hypoxylonien.

Cette base de données comprend des espèces pertinentes pour la pathologie forestière appartenant à six ordres de Sordariomycetes : Diaporthales, Glomerellales, Hypocreales, Microascales, Ophiostomatales et Xylariales.

Ordre des Diaporthales

Les Diaporthales comprennent 34 familles, 275 genres et plus de 3 780 espèces. Les ascocarpes sont des périthèces qui se forment seuls ou en grappes, et sont incrustés dans les tissus de la plante hôte, en émergent ou se forment à l’intérieur de stromas fongiques. Les périthèces ont une couleur allant de l’orange au noir en passant par le brun, et possèdent un col court ou long se terminant par un pore, d’où les spores sont libérées. Les parois de l’asque sont constituées d’une seule couche et leurs parties apicales présentent un anneau réfringent bien visible. La morphologie des ascospores est très variable. Les conidies (spores asexuelles), lorsqu’elles sont produites, sont unicellulaires ou comptent un seul septum et se forment dans des acervules ou des conidiomata pycnidiens.

Famille des Cryphonectriaceae

Cette famille comprend des espèces saprophytiques ou parasites des arbres forestiers et des plantes cultivées d’importance économique. Plusieurs périthèces sont incrustés dans un seul stroma, qui est lui-même entièrement ou partiellement incrusté dans le tissu végétal de l’hôte. D’en haut, les stromas semblent circulaires, parsemés d’ouvertures périthéciales (ostioles). Les ostioles se forment à l’extrémité de longs cols périthéciaux. Les cellules de la surface supérieure du stroma se colorent en violet lorsqu’elles sont exposées à une solution d’hydroxyde de potassium. Les asques sont cylindriques et dotés d’un anneau apical réfringent. Les ascospores varient d’unicellulaires à multiseptées. Les conidies sont généralement formées dans des loges distinctes de chaque stroma. Elles sont minuscules, incolores et de morphologie variable.

Famille des Diaporthaceae

Cette famille comprend des espèces saprophytiques et parasites des plantes, qui produisent des périthèces dans un « pseudostroma », une structure brunâtre composée d’un mélange de mycélium fongique et de tissu végétal. Les périthèces se forment souvent en anneau autour du stade conidien, qui est pycnidien ou acervule. Les asques sont cylindriques avec un anneau apical réfringent distinct, et produisent des ascospores dont la morphologie varie d’ellipsoïde, oblongue à pointue à chaque extrémité (fusoïde). Ces ascospores sont unicellulaires ou présentent un septum, au niveau duquel elles sont rétrécies. Elles peuvent avoir des appendices aux deux extrémités, et sont hyalines à brun foncé. Une même espèce produit souvent deux types de conidies, l’une plus grande que l’autre.

Famille des Gnomoniaceae

Cette famille comprend des espèces pathogènes ou saprophytiques sur les feuilles et l’écorce, caractérisées par des périthèces foncés enfouis dans les tissus de la plante hôte ou en sortant, et produisant un disque épais là où émerge le col du périthèce. Les asques ont une forme variant de l’ovale au cylindre étroit, et présentent des pieds courts et des anneaux apicaux réfringents distincts. Ils produisent de 8 à 32 ascospores. Les ascospores sont généralement ovales ou pointues à chaque extrémité (fusiformes), et sont unicellulaires ou comptent un septum. Les conidies sont produites dans des pycnides ou des acervules, et sont généralement ellipsoïdes à ovales, hyalines et unicellulaires.

Famille des Sydowiellaceae

Cette famille comprend des espèces saprophytiques ou parasites des plantes, caractérisées par des stromas (parfois rudimentaires) produisant des périthèces foncés incrustés ou protubérants, qui s’ouvrent par des ostioles individuels parsemés à la surface du feuillage. Les asques ont une forme variant de cylindrique à presque globuleuse, et sont dotés de pieds courts et d’un anneau apical proéminent. Les ascospores sont filamenteuses à ellipsoïdes, unicellulaire à multiseptées, comprennent parfois des appendices, et ont une couleur pâle à brun foncé. Les conidies, qui sont produites dans des pycnides brunâtres, sont ovoïdes à ellipsoïdes, hyalines, lisses et unicellulaires. Le genre Dothidella est également décrit par certains auteurs comme appartenant aux Polystomellacae, une famille qui n’est actuellement associée à aucun ordre des Dothideomycetes.

Famille des Tubakiaceae

Cette famille comprend des espèces endophytes et pathogènes (taches foliaires), caractérisées par la production de pycnothyria, qui sont de minuscules structures brunâtre pâle en forme de bouclier, formées de cellules fongiques rayonnantes. Des conidies unicellulaires et globuleuses, incolores à brun pâle, sont extrudées sous les pycnothyria et dispersées par la pluie.

Famille des Valsaceae

Cette famille comprend des espèces saprophytiques et pathogènes (chancre, dépérissement des rameaux), caractérisées par des stromas formés à partir des tissus fongiques et de la plante hôte. Les pycnides convolutées se forment d’abord dans les écorces chancreuses, extrudant des vrilles de petites conidies unicellulaires incolores en forme de saucisse (allantoïde). Plus tard, des périthèces noirs se forment, leurs cols allongés convergeant pour s’ouvrir par des ostioles incrustés dans un disque stromatique commun. Les asques sont en forme de massue, avec une seule couche de paroi et un disque apical réfringent bien visible, se détachant de la base pour flotter librement dans la cavité périthéciale. Les ascospores sont unicellulaires, allantoïdes et incolores.

Ordre des Glomerellales

Les Glomerellales comprennent 3 familles, 38 genres et plus de 680 espèces, caractérisées par des périthèces foncés dont les parois épaisses comptent plusieurs couches et dont le col et l’ostiole sont tapissés de périphyses (appendices ressemblant à des poils). Leurs hyméniums sont constitués d’asques à paroi unique et de fines paraphyses effilées (hyphes filiformes stériles). Les extrémités des asques sont soit épaissies, soit minces avec un anneau apical distinct.

Famille des Plectosphaerellaceae

Cette famille se compose d’espèces phytopathogènes vivant dans le sol et produisant des ascospores à partir de périthèces ou de cléistothèces, lorsque les états de reproduction sexuée sont connus. Les asques sont unituniques (avec une seule couche de paroi) et sont cylindriques, claviformes ou sacciformes, sans structure apicale distinctive. Les ascospores sont ellipsoïdes à ovoïdes, unicellulaires ou monoseptées, incolores à brun pâle et parfois ornementées. Les états de reproduction sexuée de certains genres n’ont pas été observés. Les conidies (spores asexuelles) sont produites dans des coussins (sporodochies), dans des acervules ou à partir de cellules conidiogènes sur des hyphes. Elles sont unicellulaires ou monoseptées et forment des grappes ou des chaînes visqueuses. Certaines espèces forment des hyphes dormants foncés à parois épaisses (chlamydospores) ou des structures plus grandes appelées microsclérotes.

Ordre des Hypocreales

Les Hypocreales comprennent 13 familles, 470 genres et plus de 5 840 espèces. Les espèces sont souvent de couleur vive (rouge, jaune ou orange) et leur taille varie de celle d’un seul périthèce de moins d’un millimètre de diamètre à celle de grands stromas de plusieurs centimètres de haut, portant de nombreux périthèces. Certaines familles sont pathogènes pour les plantes, provoquant des chancres et des brûlures, tandis que d’autres sont parasites d’autres champignons ou d’insectes.

Famille des Nectriaceae

Cette famille comprend des espèces de champignons phytopathogènes produisant des périthèces cireux, simples ou groupés, généralement rougeâtres ou violacés, qui changent de couleur lorsqu’ils sont exposés à une solution d’hydroxyde de potassium. Les asques sont cylindriques et à parois minces, et comprennent généralement un petit anneau apical incolore. Les ascospores sont de forme variable, mais ont généralement une seule paroi transversale. Les stades conidiens ressemblent à des moisissures, produisant souvent de nombreux amas de conidies (spores asexuelles) qui s’agrègent en masses de couleurs vives. Les conidies sont variables, mais souvent minces, multiseptées et incurvées (par exemple, pour les espèces de Fusarium). Les espèces de cette famille provoquent des chancres sur les arbres forestiers, tandis que d’autres sont des agents pathogènes nuisibles aux cultures agricoles.

Ordre des Microascales

Les Microascales comprennent 5 familles, 134 genres et plus de 980 espèces. Les espèces de cet ordre produisent des périthèces uniques, généralement foncés et de forme variable, allant de globuleux à la forme d’une poire ou avec de longs cols minces. Les asques sont à parois minces et se dissolvent généralement pour libérer les ascospores lorsqu’elles sont encore dans le périthèce. Les ascospores sont unicellulaires et présentent souvent un épaississement de la paroi. Les stades conidiens sont semblables à des moisissures.

Famille des Ceratocystidaceae

Cette famille comprend des espèces pathogènes pour les plantes (chancres, maladies des racines et flétrissements vasculaires) ou saprophytiques caractérisées par des périthèces simples, généralement foncés, à bases globuleuses et à longs cols minces, apicalement frangés ou sétigères. Les asques se forment en chaînes, sont globuleux et à parois minces, et se dissolvent rapidement pour libérer les ascospores alors qu’elles sont encore dans le périthèce. Les ascospores sont petites, unicellulaires et incolores. Elles ont une morphologie variable, mais sont souvent de forme excentrique avec des épaississements de la paroi. Les conidies (spores asexuelles) ressemblent à des moisissures; les cellules conidiogènes en forme de flacon extrudent les conidies de l’intérieur (phialides). Les conidies sont également petites et incolores et ont généralement une forme de bâtonnet. Diverses formes de cellules dormantes à parois épaisses (chlamydospores) se forment également sur les hyphes. Les membres de cette famille, en particulier les espèces de Ceratocystis, sont similaires aux membres des Ophiostomatales, mais sont génétiquement et physiologiquement distincts, avec des états conidiens morphologiquement différents.

Ordre des Ophiostomatales

Les Ophiostomatales comprennent 2 familles, 27 genres et plus de 300 espèces. Les espèces de cet ordre comprennent des pathogènes des plantes (par exemple, les champignons modifiant la teinte du bois et ceux de flétrissement vasculaire), ainsi que des saprophytes. Nombre d’entre eux produisent des spores qui attirent des insectes, notamment les coléoptères, lesquels agissent comme des vecteurs transportant ces champignons vers des hôtes vulnérables.

Famille des Ophiostomaceae

Cette famille d’espèces se compose d’agents pathogènes pour les végétaux et les animaux ainsi que de saprophytes. Les espèces produisent des périthèces individuels non associés à des stromas. Les périthèces sont généralement foncés et vont de la forme d’un globe à celle d’un flacon, certains ayant de longs cols minces. Les asques sont généralement globuleux, à parois minces et rapidement déliquescents (devenant fluides). Les ascospores sont unicellulaires et de formes diverses. Les conidies (spores asexuelles) peuvent se former simplement à partir de cellules conidiogènes sur des hyphes, ou se former sur des structures pédonculées complexes, s’accumulant dans un globule visqueux qui attire les insectes. De nombreuses espèces sont associées à des insectes tels que les scolytes, qui agissent comme des vecteurs aidant à transporter les champignons vers des plantes hôtes réceptives. Bien qu’elles soient souvent morphologiquement similaires aux membres des Ceratocystidaceae (Microascales), ces espèces sont génétiquement et physiologiquement distinctes. Contrairement aux Ceratocystidaceae, elles sont résistantes à l’antibiotique cycloheximide, qui peut être ajouté à la gélose pour produire un milieu sélectif permettant de différencier les deux familles.

Ordre des Xylariales

Les Xylariales comprennent 28 familles, 261 genres et plus de 3 200 espèces. Les espèces de cet ordre ont des types d’ascostromata très variables, allant de petits et globuleux avec un seul périthèce, à de grands stromas en forme de massue de plusieurs centimètres de haut. Les asques sont cylindriques et à huit spores, et comportent souvent un pied distinct et un anneau ou bouchon apical, qui se colore en bleu lorsqu’il est exposé au réactif de Melzer. Les ascospores sont généralement unicellulaires et foncées, et comportent une fente ou un pore de germination. Lorsqu’elles sont présentes, les conidies sont produites sous la forme d’une palissade de cellules conidiogènes sur des stromas immatures ou sur des mycéliums ressemblant à des moisissures.

Famille des Diatrypaceae

Les espèces de cette famille se caractérisent par des stromas généralement foncés et incrustés dans les tissus de leur hôte, provoquant des taches ou des plaques sur les écorces ligneuses. Dans leurs stromas se trouvent des périthèces qui produisent des asques avec de longs pieds minces et des ascospores allantoïdes (en forme de saucisse). Certaines espèces sont associées aux maladies du chancre des arbres et des arbustes.

Famille des Xylariaceae

Cette famille comprend des espèces dont les stromas présentent généralement une couche externe foncée charbonneuse et un intérieur plus pâle. Les périthèces foncés sont incrustés dans la couche stromale externe et ont généralement la forme d’un flacon avec une ouverture centrale. Les asques sont généralement cylindriques et pédonculés, avec un bouchon apical qui se colore typiquement en bleu lorsqu’il est exposé au réactif de Melzer. Les ascospores sont foncées et généralement unicellulaires, et comportent une fente ou un pore germinatif longitudinal. Lorsqu’elles sont présentes, les conidies (spores asexuelles) sont produites soit sous la forme d’une palissade de cellules conidiogènes sur des ascostromata immatures, soit sur des mycéliums ressemblant à des moisissures. Ces espèces sont associées aux chancres des tiges, aux maladies des racines et à la pourriture du bois (pourriture blanche).