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Classe des Dothideomycetes

Les Dothideomycetes constituent la plus grande classe d’Ascomycota, au sein de laquelle les formes et habitudes sont très diverses. Cette classe comprend 45 ordres, 231 familles, 2 309 genres et plus de 32 000 espèces. La plupart de ses membres produisent de très petites structures porteuses de spores, appelées ascocarpes. Les asques se développent dans les loges des tissus fongiques et sont à double paroi (bituniqués). Lors de la libération des ascospores, la couche interne de l’asque éclate à travers la couche externe plus épaisse de la paroi, comme une boîte à surprise. 

Cette base de données comprend des espèces pertinentes pour la pathologie forestière appartenant à sept ordres de Dothideomycetes : Asterinales, Botryosphaeriales, Capnodiales, Dothideales, Mycosphaerellales, Pleosporales et Venturiales.

Ordre des Asterinales

Les Asterinales comprennent 7 familles, 120 genres et plus de 1 560 espèces. Ces champignons sont parasites et tirent leurs nutriments du feuillage, des tiges et des fruits des plantes vivantes en pénétrant dans les parois cellulaires à l’aide d’hyphes spécialisés appelés haustoriums. Leurs ascocarpes sont souvent sombres et aplatis, et ont un diamètre inférieur à un millimètre. Les ascospores sont généralement sombres et multiseptés.

Famille des Asterinaceae

Cette famille d’espèces se compose de champignons de taches foliaires, que l’on trouve sur les surfaces foliaires des conifères et des plantes à grandes feuilles. Elles ont un mycélium foncé et produisent de minuscules ascocarpes foncés et aplatis qui libèrent des ascospores foncées et multicellulaires à partir de pores ou de fissures longitudinales.

Ordre des Botryosphaeriales

Les Botryosphaeriales comprennent 10 familles, 90 genres et plus de 4 100 espèces. Beaucoup sont pathogènes et provoquent des taches sur les feuilles, la pourriture des fruits et des racines, des dépérissements ou des chancres sur les plantes hôtes ligneuses, tandis que d’autres sont saprophytes ou endophytes. Les asques sont produits dans des périthèces, et les ascospores sont généralement unicellulaires et incolores ou jaunes. De nombreux genres forment également des pycnides, soit des structures microscopiques en forme de flacon produisant des conidies (spores asexuelles) qui sont d’abord unicellulaires, puis deviennent foncées avec un seul septum.

Famille des Botryosphaeriaceae

Cette famille comprend des espèces qui ont des ascocarpes périthéciaux, parfois regroupés, généralement associés aux tissus des plantes ligneuses, soit en tant que parasites ou en tant que saprophytes. Les ascospores sont généralement unicellulaires et incolores ou jaunes. De nombreux genres forment également des pycnides, soit des structures microscopiques ressemblant à des flacons et produisant des conidies qui sont d’abord unicellulaires, puis deviennent foncées avec un seul septum.

Famille des Phyllostictaceae

Cette famille se compose d’espèces dont les ascocarpes foncés émergent des taches des feuilles et produisent des ascospores ellipsoïdes ou en forme de citron. Les pycnides produisent des conidies unicellulaires incolores ayant une gangue mucilagineuse et un seul appendice. 

Ordre des Capnodiales

Les Capnodiales comprennent 18 familles, 144 genres et plus de 980 espèces. La plupart des genres sont des champignons fumagines qui forment des croûtes à la surface des feuilles et des tiges de leurs plantes hôtes. Ils sont souvent associés à des excrétions d’insectes. Leur mycélium et leurs minuscules ascocarpes sont foncés, parfois ornés de sétules, et couverts de mucus. Les ascospores sont brunes et septées. Certains genres produisent peu de mycélium de surface et sont associés au rouge des conifères.

Famille des Capnodiaceae

Cette famille d’espèces se compose principalement de champignons fumagines, mais certains de ses genres (par exemple, Phaeocryptopus) ont peu ou pas de mycélium de surface visible et sont des pathogènes du feuillage des conifères, produisant des ascocarpes noirs quasi microscopiques qui sortent des stomates (pores) sur la surface inférieure des aiguilles de conifères.

Ordre des Dothideales

Les Dothideales se caractérisent par des hyphes végétatifs qui forment des chaînes de cellules foncées, souvent appelées levures noires. Les ascocarpes, lorsqu’ils sont présents, sont petits et ne comprennent souvent qu’une seule loge centrale s’ouvrant avec un pore central. De nombreuses espèces ne sont connues que par leur état conidien asexué. Certains genres des Dothideales sont si semblables sur le plan morphologique qu’ils ne sont actuellement distingués que par des séquences génomiques. Cet ordre comprend 4 familles, 69 genres et plus de 760 espèces.

Famille des Dothioraceae

Cette famille d’espèces se compose de « levures noires » présentes sur le feuillage et de nombreux autres substrats. Elle produit des hyphes qui ressemblent à des chaînes de billes, d’abord incolores, puis devenant noirs. Beaucoup d’espèces ne produisent que des spores asexuelles (conidies), qui bourgeonnent à partir des hyphes. Une levure noire très commune, Aureobasidium, appartient à cet ordre malgré son nom trompeur, qui suggère qu’il s’agit d’un basidiomycète, alors qu’il s’agit d’un ascomycète.

Famille des Saccotheciaceae

Cette famille d’espèces se compose de « levures noires » présentes sur le feuillage et de nombreux autres substrats. Elle produit des hyphes qui ressemblent à des chaînes de billes, d’abord incolores, puis devenant noirs. Beaucoup d’espèces ne produisent que des spores asexuelles (conidies), qui bourgeonnent à partir des hyphes. Une levure noire très commune, Aureobasidium, appartient à cet ordre malgré son nom trompeur, qui suggère qu’il s’agit d’un basidiomycète, alors qu’il s’agit d’un ascomycète.

Ordre des Mycosphaerellales

Les Mycosphaerellales comprennent de nombreuses espèces qui provoquent de graves brûlures foliaires et des chancres de la tige sur les feuillus, ainsi que le rouge des conifères. La plupart des espèces de cet ordre produisent des ascospores, qui sont généralement incolores et présentent un ou plusieurs septums transversaux, et qui sont produites dans de minuscules ascocarpes en forme de flacon appelés périthèces. Les conidies (spores asexuelles), lorsqu’elles sont présentes, sont produites à partir d’amas de cellules conidiogènes, ou dans des pycnides, qui extrudent des conidies cylindriques et septées. Les Mycosphaerellales comprennent 5 familles, 232 genres et plus de 6 700 espèces.

Famille des Mycosphaerellaceae

De nombreuses espèces de cette famille provoquent de graves brûlures foliaires et des chancres sur les feuillus, ainsi que le rouge des conifères. Les ascospores sont généralement incolores, présentent un ou plusieurs septums transversaux et sont produites dans de minuscules ascocarpes en forme de flacon appelés périthèces. Les conidies sont produites à partir d’amas de cellules conidiogènes, ou extrudées à partir de pycnides, et sont cylindriques et septées.

Ordre des Pleosporales

Les Pleosporales comprennent 94 familles, 726 genres et plus de 11 000 espèces. Cet ordre est le plus important des Dothideomycetes. Certains Pleosporales sont des agents pathogènes pour les plantes, mais la majorité d’entre eux sont saprophytiques et se nourrissent de matières végétales en décomposition. La plupart des espèces à reproduction sexuée produisent des asques dans des périthèces, et les asques sont entrecoupés de brins d’hyphes stériles appelés pseudoparaphyses.

Famille des Didymosphaeriaceae

Cette famille comprend des espèces ayant des ascocarpes périthéciaux foncés dotés d’ouvertures centrales qui sont incrustés dans les tissus hôtes ligneux ou herbacés ou en font irruption. Certaines espèces sont associées à des chancres sur les feuillus. Les asques sont cylindriques et portent des ascospores qui sont généralement brunes et dotées d’une paroi transversale.

Famille des Melanommataceae

Cette famille se compose d’espèces dont les ascocarpes périthéciaux foncés, qui émergent du bois et de l’écorce, sont groupés et apparaissent superficiels à maturité, s’ouvrant généralement avec un pore central. Les ascocarpes sont parfois nichés dans des mycéliums superficiels laineux qui forment des revêtements épais sur le substrat de l’hôte. Les ascospores sont brunes, souvent avec plusieurs parois transversales et longitudinales (muriformes).

Ordre des Venturiales

Les Venturiales comprennent 3 familles, 64 genres et plus de 530 espèces. La plupart des membres de cet ordre se trouvent dans la famille des Venturiaceae, qui ont des ascocarpes périthéciaux, des ascospores irrégulièrement septées à pigmentation foncée et un état conidien semblable à une moisissure qui produit des masses de conidies (spores asexuelles) foncées de forme irrégulière à la surface des feuilles et des tiges de plantes hôtes, principalement des feuillus.

Famille des Venturiaceae

Constituant plus de 80 % de l’ordre des Venturiales, cette famille d’espèces se caractérise par des ascocarpes périthéciaux foncés, lisses ou poilus (sétigères), s’ouvrant par un pore central et présentant des asques cylindriques avec des ascospores bicellulaires. Les ascospores sont généralement asymétriques, une cellule étant plus grande que l’autre. Les états conidiens se manifestent par des masses foncées de cellules conidiogènes et de conidies sur le substrat de l’hôte. Les conidies ont une pigmentation foncée et sont parfois septées et de forme irrégulière. De nombreuses espèces sont associées à des taches foliaires, à des galles, à des chancres et au dépérissement des pousses.